Evaluierung von NGS zur molekularen Epidemiologie bakterieller Pathogene (StMGP)
Kurzbeschreibung:
Multi Locus Sequence Typing (MLST) und Sequenziermethoden der nächsten Generation (Next Generation Sequencing; NGS) gehören zu den entscheidenden Methoden in der molekulare Epidemiologie. NGS Technologien werden nicht nur in der Wissenschaft genutzt, sondern haben auch Einzug in medizinische Einrichtungen gehalten und werden mehr und mehr für diagnostische Zwecke und im öffentlichen Gesundheitsdienst eingesetzt. Insbesondere bei der Aufklärung von Ausbrüchen infektiöser Pathogene, entweder im human- oder veterinärmedizinischen Bereich und auch um lebensmittelbedingte Infektionsketten abzuklären.
Ziel des Projektes war die Etablierung und Ausarbeitung von standardisierten, qualitätsgesicherten Abläufen (workflows) für Infektionserreger am LGL. Hierzu gehört zunächst der Vergleich von Methoden zur Aufreinigung von DNA, da die Quantität und Qualität bei den Methoden zur Sequenzierung langer Reads eine große Rolle spielen.
Laufzeit: 1.1.2018 - 31.12.2018