Genotypisierung und Sequenzierung (NGS) nosokomialer und wasserassoziierter Erreger
Das LGL unterstützt mit seiner Expertise auf dem Gebiet der Genotypisierung bereits seit über 20 Jahren die Institutionen des Öffentlichen Gesundheitsdienstes bei der Aufklärung von nosokomialen Ausbruchsgeschehen und der Bestimmung der genetischen Verwandtschaftsverhältnisse entsprechender Bakterienisolate.
Im Zuge einer Methodenerweiterung wurde die Genotypisierung nosokomialer Infektionserreger auf der Basis der Next Generation Sequencing- (NGS) bzw. der Whole Genome Sequencing- (WGS) Technologie implementiert und durch die DAkkS (Deutsche Akkreditierungsstelle) vollumfänglich nach DIN EN ISO 17025 akkreditiert.
Durch diese Etablierung und einer automatisierten Auswertesoftware können innerhalb kürzester Zeit (i.d.R. innerhalb von 48 – 72h) viele genetisch fixierte Charakteristika eines Isolates erfasst werden. Dies beinhaltet neben der Bestimmung des Genotyps beispielsweise auch den klassischen MLST-Typ oder relevante Resistenzgene und Virulenzfaktoren.
Die Schnelligkeit und die Anzahl identifizierter Charakteristika ermöglichen im Vergleich zu konventionellen Typisierungsmethoden ein wesentlich detaillierteres Gesamtbild im Rahmen von Ausbruchsuntersuchungen, um möglichst schnell die Infektionsquelle zu identifizieren und eine Weiterverbreitung der Erreger zu verhindern.
Die Typisierung auf Basis der Vollgenomsequenz ist nach §16 Abs. 3 IfSG im Rahmen von nosokomialen Häufungen auf Veranlassung des Gesundheitsamtes weiterhin kostenfrei.
Ist die genotypische Abklärung einer Erregerhäufung gewünscht, sollten die Kliniken möglichst schnell mit dem Gesundheitsamt Rücksprache halten, das in diesem Fall als Auftraggeber fungiert. Auf Veranlassung des jeweiligen Gesundheitsamtes können die Ausbruchsisolate direkt an die krankenhaushygienischen Labore des LGL geschickt werden (Ansprechpartner siehe unten).
Abbildung: Organisatorisches Vorgehen im Fall einer genotypischen Ausbruchsuntersuchung
Zur Einsendung muss der im Downloadbereich hinterlegte Untersuchungsantrag verwendet werden. Die Einsendungen sollten direkt durch die involvierten mikrobiologischen Labore erfolgen.
Bei Interesse können gerne auch Anfragen zu interdisziplinären Forschungsprojekten an die untenstehenden Kontakte gerichtet werden.
Kontakt
Sachgebiet Hygiene GE1
E-Mail: hygiene@lgl.bayern.de
Nordbayern (MFR, OFR, OPF, UFR)
Ansprechpartner: Dr. Dr. Nina Hos
Südbayern (NB, OBB, SCHW)
Ansprechpartner: Dr. C. Tuschak